Das Bruckried ist seit 1978 als Schutzgebiet ausgewiesen; seit 1979 betreut der BUND Baden-Württemberg, Naturschutzzentrum Möggingen, offiziell das Gebiet. Der Umweltschutzverband führt Kontroll-Begehungen und Kartierungen im Schutzgebiet durch. Darüber hinaus sorgt der BUND dafür, dass sich invasive Neophyten wie Springkraut und Goldrute nicht weiter im Schutzgebiet ausbreiten. Um das Naturschutzgebiet herum wird jedoch intensive Landwirtschaft betrieben. Nährstoffeinträge und kleinere Konflikte mit den Bewirtschaftern sind die Folge.

Im Jahr 2006 wurde im Schutzgebiet die EU-weit geschützte Bachmuschel nachgewiesen, der BUND verbessert ihre Lebensbedingungen in Zukunft weiter.

Das Naturschutzgebiet Dohlen im Wald veranschaulicht auf kleinstem Raum die Dynamik der Lebensraum-Entwicklung von Pflanzen und Tieren in einer Kiesgrube. Die seit 1985 unter Schutz gestellte Kiesgrube hat sich von einer offenen Kiesfläche zu einem strukturreicheren Lebensraum mit Magerrasen entwickelt. Hier haben seltene Arten, wie Baumpieper, Dorngrasmücke, Feldschwirl und Neuntöter einen Lebensraum gefunden.

Das Schutzgebiet kann zudem mit vier nacheiszeitlich entstandenen Toteislöchern aufwarten, an dessen Ufern Weiden und Erlen bis zum Bauch im Wasser stehen und einen wunderbaren Einblick in die Lebensgemeinschaft der Weichholzauen geben. Eine weitere Besonderheit sind die Vorkommen der Sandbienen-Art (Megachile parietina) und der Mörtelbiene.

Der BUND setzt alles daran, diese Vielfalt zu erhalten. Denn durch natürliche Entwicklungen verdichtet sich die Pionier-Vegetation in der ehemaligen Kiesgrube immer weiter und schon bald könnte ein geschlossener Wald entstehen. Deshalb hat der BUND in der Kiesgrube einzelne Flächen abgeschoben. So können wieder vegetationsfreie Kiesflächen zutage treten und die mosaikartige Vielfalt des Schutzgebietes auch weiterhin erhalten bleiben.

In der breiten Talaue zwischen Mühlhausen und Ehingen liegt das Niedermoor Ehinger Ried.

Bevor das Gebiet unter Schutz gestellt wurde, drohte den hier angesiedelten Tier – und Pflanzenarten durch Müllablagerung, Auffüllungen und intensive Nutzungen das Aus. Ein überregionales Kooperationsprojekt zwischen Behörden, Gemeinden und dem BUND Baden-Württemberg hat es 1985 geschafft, die Unterschutzstellung durchzusetzen. Heute ist das Gebiet ein strukturreicher Lebensraum für viele Tiere und Pflanzen.

Die Teiche des Ehinger Rieds weisen undurchdringliche Verlandungsgebiete mit Röhrichten und Hochstaudenfluren auf. Hier können Laubfrosch, Libelle, Rohrammer, Zwergtaucher und Nachtigall und viele andere Arten ungestört leben. Seit 1986 betreut der BUND Baden-Württemberg auch die Wiesen des Schutzgebietes, die seltenen Arten einen Lebensraum bieten. Hierzu gehören: Mehlprimel, Davalls Seggen und Sibirische Schwertlilien.

Die letzten größeren Moränenseen der Westhegauer Talwannen stehen seit 1978 im Naturschutzgebiet Hardtseen unter Schutz. Es liegt in einem Waldstück eingebettet und wird durch eine Bahntrasse in die oberen und unteren Hardtseen unterteilt. Besonders am südlichen Hardtsee hat man den Eindruck in ein ursprüngliches Sumpfwaldgebiet einzutauchen. Abgestorbene Bäume liegen an den Ufern. Bedeutend sind die Bestände des seltenen Zungen-Hahnenfuß, der hier in beachtlicher Größe und Stabilität vorkommt. An den strukturreichen Seen finden Graureiher, Kormorane und Spechte ihr Nahrungsbiotop. Erlenbrüche und trockene, orchideenreiche Buchenwälder runden das Gesamtbild ab. Ein Info-Lehrpfad des BUND Gottmadingen und der Bodensee Stiftung leitet Besucher*innen durch das Schutzgebiet.

Das seit 1978 unter Schutz gestellte Naturschutzgebiet Weitenried liegt in direkter Nachbarschaft zur Aach.

Das Gebiet ist durchzogen von Bächen und Gräben, die abgelagerten Tallehme begünstigen die Bildung von anmoorigen Böden und Niedermooren. Zu den bedeutendsten Pflanzen innerhalb des Gebietes zählen Pracht-Nelke, Spatelblättrige Greiskraut, Sumpflöwenzahn sowie Breitblättriges und Fleischfarbenes Knabenkraut. In einem in der Zerfallsphase befindlichen Hybridpappel-Wald, wächst eine neue Baumgeneration heran, die den ehemaligen Reinbestand durch Gehölzartenreichtum ablöst.

Im Weitenried beobachtet der BUND jedes Jahr etwa 125 Vogelarten, 29 davon stehen unter besonderem Schutz nach der EU-Vogelschutzrichtlinie. Beispiele hierfür sind der Schwarzmilan und der Neuntöter. Auch der Biber hat sich von der Aach aus im Weitenried ausgebreitet und hat 2016 mit seinem Damm einen ganzen Waldbestand unter Wasser gesetzt.