In Fließgewässern (und nur hier) leben also fast so viele Tierarten (3.105) wie in allen anderen Süßwasser-Lebensräumen (2.800). Dazu kommen weitere 1.741 Arten, die sowohl in Fließgewässern als auch in anderen Süßwasser-Lebensräumen vorkommen.
Diese große Vielfalt von Arten in Fließgewässern hat mehrere Gründe. So sind zum Beispiel die physikalischen Bedingungen zwischen Quelle und Mündung verschieden, es gibt sehr viele Strukturen in Fließgewässern, und viele dieser Strukturen waren weit verbreitet, bevor der Mensch eingegriffen hat. Als Folge dieser Eingriffe sind zum Beispiel dynamische Kies- und Sandbänke weltweit bedrohte Biotoptypen. In der Roten Liste gefährdeter Biotoptypen sind naturnahe sommerwarme Flüsse für Deutschland in die Kategorien 1 bzw. 2 eingestuft, d.h. sie sind von vollständiger Vernichtung bedroht oder stark gefährdet.