Die Anhang-IV-Arten der FFH-Richtlinie sind streng zu schützende Tier- und Pflanzenarten von gemeinschaftlichem Interesse, für deren Erhaltung keine besonderen Schutzgebiete ausgewiesen werden müssen. Sie genießen einen flächendeckenden Schutz. Diese Arten müssen flächendeckend erfasst werden, sowohl in Schutzgebieten als auch außerhalb. Das Monitoring, d.h. die regelmäßige Überwachung und Überprüfung hierfür ist sehr aufwändig, weshalb sich die Fachbehörden mit den Erfassungen bislang zurück gehalten haben.
Nach Artikel 12 (Tierarten) und Artikel 13 (Pflanzenarten) sind die Mitgliedsstaaten angehalten, notwendige Maßnahmen zu treffen, um ein strenges Schutzsystem für die in Anhang IV aufgeführten Tier- und Pflanzenarten aufzubauen bzw. einzuführen. Sofern diese Arten auch im Anhang II aufgeführt sind, sind es zugleich Arten von gemeinschaftlichem Interesse, für deren Erhaltung besondere Schutzgebiete ausgewiesen werden müssen. Ihr Schutz sollte somit gewährleistet sein.
Probleme bereiten v.a. die Arten, die nur im Anhang IV aufgeführt sind, also außerhalb von ausgewiesenen Schutzgebieten ebenfalls streng zu schützen sind. Für diese Arten gilt auch ein strenger Schutz auf land- und forstwirtschaftlichen Flächen. Die Nutzung der von Anhang-IV-Arten bewohnten Flächen hat so zu erfolgen, dass ein günstiger Erhaltungszustand für die Arten gewährleistet ist und stabile Populationen erhalten werden können.
Die große Streitfrage ist, wie vorgegangen wird, d.h. welche Absprachen mit Land- und Forstwirten getroffen werden müssen. Es gibt zwei grundsätzlich verschiedene Ansätze, je nach Auslegung der rechtlichen Vorgaben der EU: