In den Kernzonen hat die Natur Vorrang, der Einfluss des Menschen ist auf ein Minimum beschränkt. Kernzonen sind im Grunde "Wildnis"-Oasen. Es gibt dort keine land- oder forstwirtschaftliche Nutzung, das Zusammenleben der Arten in natürlich gewachsenen Lebensräumen wird streng vor äußeren Einflüssen geschützt. Menschen haben zu diesen Refugien nur auf ausgewiesenen Wegen Zutritt.
Zu den Kernzonen gehören die Hangbuchen- und Hangschuttwälder an den Steilhängen des Albtraufs, aber auch die Schluchtwälder der tief eingeschnittenen Seitentäler zur Donau und etliche Waldgebiete der Kuppenalb. Insgesamt sind rund 3 % der Fläche des Biosphärengebiets als Kernzonen ausgewiesen. Der BUND widmet diesen Flächen besonderes Augenmerk, denn die Nutzungsansprüche sind vielfältig: Wege, Jagd und Lärm sowie „Verkehrssicherungsmaßnahmen“ bedrohen die Kernzonen zumindest in der Anfangsphase. Ziel des BUND ist eine Ausweitung der Kernzonen mit dem Ziel, mehrere große statt vieler kleiner Kernzonen zu erhalten. 

Die Entwicklungszonen nehmen im Biosphärengebiet Schwäbische Alb ungefähr 55 % der Fläche ein. Sie sind Lebens-, Wirtschafts- und Erholungsraum der rund 170 000 Bewohner des Biosphärengebiets. Hier gelten keine Beschränkungen über eventuell bereits bestehende hinaus. Gefördert werden sollen hier ökonomisch, sozial und ökologisch nachhaltige Wirtschaftsweisen. Eine große Rolle spielt die Vermarktung regionaler Produkte und Dienstleistungen.